Pierwsze informacje o lotnisku datowane są na rok 1937. Po wschodniej stronie Twierdzy Modlin znajdował się poligon. Według relacji mieszkańców okolicznych miejscowości jego część została utwardzona, po to aby mogły lądować tam samoloty, które zapewniałyby łączność z Warszawą.

Podczas II Wojny Światowej lotnisko wykorzystywane było przez lotnictwo niemieckie. Po zakończeniu wojny, aż do roku 1946, modlińskie lotnisko stanowiło bazę dla lotnictwa radzieckiego, natomiast już pod koniec lat czterdziestych zapadła decyzja jego o rozbudowie. Pomiędzy 1949 a 1953 rokiem powstały na przykład dwa olbrzymie hangary oraz zaplecze warsztatowe. Zbudowany został również bardzo nowoczesny (jak na ówczesne czasy) skład paliw. Dzięki modyfikacjom lotnisko w Modlinie było w stanie przyjąć nawet największe samoloty transportowe. W tym samym czasie zbudowane zostały także stanowiska dla samolotów bojowych oraz schrony dla pracujących tam ludzi oraz samolotów.

W roku 1953 zaczęła tutaj stacjonować 15 Dywizja Lotnictwa Bojowego. Na przełomie lat 50. i 60. prowadzono tutaj szkolenia dla pilotów oraz kadry pomocniczej (specjalistów lotniczych, oficerów sztabowych itp.). Jeśli chodzi o samoloty pojawiły się tutaj nowoczesne jednostki takie jak MIG 19, czy MIG 21.

Lotnisko było w trakcie użytkowania systematycznie remontowane, przeciętnie co około 5-6 lat, natomiast gruntownej modernizacji zostało poddane w roku 1987. Mimo tego modliński port lotniczy zaczął powoli podupadać, co doprowadziło w roku 2000 do rozwiązania stacjonującej tam 45 Lotniczej Eskadry Doświadczalnej oraz podjęciu decyzji o przekazaniu terenu do Agencji Mienia Wojskowego. Ta z kolei wydała decyzję o zagospodarowaniu lotniska w lotnictwie cywilnym.

Budowa nowego portu została ukończona w roku 2012, pierwszy lot pasażerski odbył się w połowie lipca tego roku. Niestety ze względu na niedociągnięcia w konstrukcji pasa startowego (użycie nieodpowiedniego kruszywa zaowocowało powstaniem pęknięć zagrażających bezpieczeństwu lotów) Wojewódzki Inspektor Nadzoru Budowlanego zamknął lotnisko do czasu usunięcia usterek. Konieczne było zerwanie starej nawierzchni pasa startowego i położenie nowej, przez co prace przeciągnęły się do czerwca 2013 roku. Obecnie lotnisko stało się bazą jednego z największych niskokosztowych przewoźników, czyli Ryanair. Wcześniej latały stąd jeszcze samoloty Wizzair, ale z powodu awarii pasa i zamknięcia lotniska przewoźnik przeniósł się na Lotnisko imienia Chopina.

Powstanie lotniska spowodowało również znaczny rozwój okolicznej infrastruktury. Powstało wiele miejsc gdzie można pozostawić auto na czas podróży, a także różnego rodzaju miejsca noclegowe (hotele, pensjonaty na przykład hotel Nowy Dwór Mazowiecki). Zbudowana została również stacja kolejowa przy lotnisku, po to aby ułatwić pasażerom dotarcie do celu podróży, czyli w większości wypadków do Warszawy.